Podle tradiční japonské mytologie bylo Japonsko založeno v 7. století původním císařem Jimmu. Během 5. a 6. století byly zavedeny čínské písmo a buddhismus spolu s ostatními aspekty čínské kultury nejprve prostřednictvím Korejského poloostrova a později přímo z Číny. Císařové byli formálními vládci, nicméně skutečná moc byla obvykle v rukou mocné dvorské šlechty, regentů nebo šogunů (vojenských správců).
Původní politická struktura zajišťovala, že když byla válka mezi rivaly skončena, vítězný šógun se přesunul do hlavního města Heian (plný název je Heiankjóto, 'kjóto', což znamená hlavní město a plný název je zkrácen jen na příponu, dnešní Kjóto), kde z milosti císaře (s jeho formálním souhlasem) vládl. V roce 1185 generál Minamoto no Joritomo jako první porušil tuto tradici, odmítl se přesunout a následně vládl z Kamakury na jih od dnešní Jokohamy.
Od druhé poloviny 16. století přijížděli do Japonska obchodníci a křesťanští misionáři z Portugalska, Španělska, Nizozemí a Anglie. V první polovině 17. století podezříval japonský šógunát katolické misionáře, že jsou předvojem ozbrojené iberské invaze a okamžitě zakázal veškeré styky s Evropany s výjimkou významně omezených kontaktů s protestantskými nizozemskými obchodníky na umělém ostrůvku Dedžima u Nagasaki. Čínským lodím bylo nadále povoleno vjíždět do Nagasaki a korejští vyslanci měli přístup do hlavního města. Tato izolace trvala 251 let, dokud si komodor Matthew Perry nevynutil otevření japonských přístavů pro americké obchodníky v roce 1854 na Konferenci v Kanagawě. Následně došlo k podpisu obdobných smluv i s evropskými mocnostmi
* Historická období *
Historie Japonska se dělí na jednotlivá dílčí období:
Džómon (縄文時代 10 000 – 300 př. n. l. )
Jajoi (弥生時代 300 př. n. l. – 710 n. l. )
Nara (奈良時代 710 – 794)
Heian (平安時代 794 – 1185)
Kamakura (鎌倉時代 1185 – 1333)
Muromači (室町時代 1333 – 1568)
Azuči-Momojama (安土桃山時代 1568 – 1600)
Tokugawa (nebo také Edo) (江戸時代 1600 – 1868)
Meidži (明治 1868 – 1912)
Taišó (大正 1912 – 1926)
Šówa (昭和 1926 – 1989)